Concernant les frais directs et les frais d'investissements, le montant de la TVA est-elle incluse dans les frais ?

Cela dépend d'un porteur de projet à l'autre.
Si le porteur de projet est assujetti à la TVA, le montant admissible est le montant HTVA.
Si le porteur de projet n'est pas assujetti à la TVA, le montant admissible est le montant TVAC